殺菌滅藻劑是具有強烈氧化性的殺生劑，通常是一種強氧化劑，對水中的微生物的殺生作用強烈。氧化性殺生劑對水中其它的還原性物質都能起到氧化作用，當水中存在有機物、硫化氫、亞鐵離子時，會消耗掉一部分氧化性殺生劑，降低它們的殺生效果。循環冷卻水系統中常用的氧化性殺生劑為含氯化合物、過氧化物、含溴化合物等具有氧化性能的化合物。
選擇殺菌滅藻劑需要考慮的因素： 1、經濟實用，效率高，價格源方便，溶解性好，使用安全方便。
2、注意微生物的抗藥性。有資料介紹微生物對氯的抗藥性。但是，一般實驗證明微生物對非氧化型具有抗藥性。
3、光譜殺菌滅藻劑應能有效控制多種微生物，對各種細菌、真菌、藻類都有很好的殺滅效果。使用后，殺菌滅藻率達到90%以上，藥效維持在24小時以上。
4、與其他化學藥劑和使用條件相容，應與緩蝕阻垢劑和其他相容，不相容。
5、不危害環境，為了防止污水對環境造成公害，需要了解的毒性等級，同時還須了解當地環境保護部門的規定和允許排放的指標。
化合物普遍具有殺菌滅藻速度快、殺生效果的廣譜性高、處理費用低、對環境污染相對影響較小、微生物不易產生抗藥性的優點。不足之處是受到水中的有機物和具有還原性物質的影響較大，藥劑時間短，受水中的PH值影響也較大，同時，分散滲透和剝離效果差等。鹵族元素氯、溴和碘都是性能良好的氧化性殺菌劑。氯來源廣，價格低廉，使用方便，殺菌滅藻劑效果良好，可以和許多水質處理藥劑一起使用而互不干擾或干擾很小，對環境污染小，廣泛地用作工業和民用用水的微生物的殺菌劑。大型的循環冷卻水系統多用，用量少的冷卻水系統常用次氯酸鈉或漂白劑。
